Pierwsza wojna domowa Skavenów to konflikt toczony między 50 IC a 600 IC między klanami Skavenów lojalnymi wobec Rady Trzynastu a klanem Pestilens.
Powstanie klanu Pestilens[]
Z dżungli Lustrii wyłoniła się nowa siła. Klan ten był dawno zapomniany i bardzo się zmienił od czasu opuszczenia Skavenblight. Przeszedł poza zasięgiem wiedzy Rady Trzynastu, ale pewnego dnia powróci, żądny władzy.
Nie pamięta się już nazwy klanu, który został zaprowadzony na suche pustynie dzisiejszego Araby (do którego dotarli około roku 1420 IC podczas Wielkiej Migracji). Nie wiadomo, jak znaleźli tunele pod Wielkim Oceanem do dżungli zimnokrwistych Lizardmenów. A jednak Skavenowie powstali pod miastem-świątynią w najgłębszej Lustrii. Choć szczuroludzie byli przyzwyczajeni do bagien pełnych insektów, zjadliwe choroby tropikalne zaczęły zbierać swoje żniwo. Gdy klan został zredukowany do zaledwie kilkuset ocalałych członków, których futro przesiąknięte było zimnym potem, a rozgorączkowane umysły dręczyły obłąkańcze wizje, klan doznał objawienia. Jeśli poświęcą swoje życie Wielkiemu Rogatemu Szczurowi, zostaną oszczędzeni. Jeśli będą przeszukiwać dżunglę w poszukiwaniu ofiar, głód Wielkiego Rogatego zostanie zaspokojony. Gdyby zaczęli czcić choroby, które ich zabijały, mogliby narodzić się na nowo. I tak z najczarniejszej desperacji wyłoniła się nowa rasa Skavenów - gorliwi Mnisi Plagi z Klanu Pestilens.
Skaveny, które wyłoniły się z rozpadającego się miasta-świątyni Quetza w roku 1399, były ohydne, pokryte płaczącymi bąblami, a ich naznaczone ospą ciała zostały wzmocnione przez choroby, które przenosiły. Klan Pestilens rozrastał się metodycznie, przez wieki wydobywając z ruin tajemnice magii. Wiele z zimnokrwistych reptiliańskich stworzeń, które starały się chronić dżunglę, zostało poświęconych w imię Wielkiego Rogatego Szczura. I zawsze Klan Pestilens szukał nowych sposobów, by poświęcić się korupcji.
Klan urósł w siłę i teraz Lord Nurglitch, tradycyjna nazwa najpotężniejszego z Plaguelordów, uznał, że nadszedł czas, by jego potomstwo powróciło. Zaraźliwe zastępy spędziły dekadę na walce o wydostanie się z dżungli na wybrzeże. Stamtąd zbudowano naprędce flotę składającą się z rozpadających się statków, która przetransportowała większą część klanu Pestilens do Południowych Krain, gdzie około roku 50 IC powstało kilka twierdz. Kilkadziesiąt lat późniejwysłano emisariuszy do Skavenblight, gdzie zebrali się Lordowie Rozkładu. Klan Pestilens domagał się praw do hodowli, dziesięciny z warpstone'a oraz stanowisk w Radzie. Jak można się było spodziewać, emisariusze zostali zarżnięci, a ich szczątki wypędzone z miasta.
Wojna domowa[]
Tak oto Klan Pestilens rozpoczął długo planowaną ofensywę przeciwko wiernym Radzie Trzynastu. Twierdze i legowiska zostały zniszczone. Klan Merkit został zalany przez wielkie kotły wypełnione kamieniem spaczenia zmieszanym z podrobami i zgnilizną. Mnisi Plagi używali wielkich miechów, aby wszystkie jaskinie wypełniły się trującymi oparami. Tylko Lord Merkit i jego strażnik uniknęli ohydnej śmierci lub zniewolenia.
Rada odpowiedziała armiami klanratów, wspieranych przez nowo opracowaną broń klanu Skryre. Kilka klanów z Southlandu skapitulowało po bezlitosnej demonstracji potęgi Mnichów Plagi, co zapewniło Klanowi Pestilens liczebność pozwalającą na stawienie oporu. W miarę upływu lat i gdy Rada Trzynastu okazywała się niezdolna do powstrzymania Mnichów Plagi, inne klany Warlordów odłączyły się. Zbójeckie klany albo przyłączyły się do Mnichów Plagi, albo prowadziły wojnę dla własnych korzyści. Wkrótce Rada Trzynastu straciła wszelką kontrolę nad Southlands, a Under-Empire wymykało się spod kontroli.
Przez prawie czterysta lat Skavenowie pozostawali podzieleni: frakcja północna, kierowana przez Radę Trzynastu, i południowa, przez Władców Plagi. Wiele klanów stało w rozkroku, łącząc się po stronie tego, kto miał przewagę. Szerzyły się plagi, czary i zdrady, ale wojna pozostawała w impasie. Impas przerwało ponowne pojawienie się innego, dawno zaginionego klanu. Około roku 500 IC z tajemniczego Dalekiego Wschodu powrócili w końcu zabójcy-adepci klanu Eshin.
Gdy odziani na czarno zabójcy z klanu Eshin przyrzekli wierność Radzie Trzynastu, regularnie zaczęły znikać głowy watażków, zbuntowani wodzowie i sami władcy plagi. Poparcie dla klanu Pestilens szybko zmalało. Zdając sobie sprawę, że ich pozycja staje się nie do obrony, Lordowie Plagi poprosili o pojedynek. Po przeżyciu kilku zamachów w drodze do Skavenblight, ich przedstawiciel, lord Nurglitch VII, pokłonił się w Wielkiej Świątyni Rogatego Szczura i bez zastrzeżeń oddał zasoby swojego klanu do dyspozycji Rady Trzynastu. Ponadto poinformował wszystkich, że ma przy sobie fiolkę z Żółtą Gorączką Czaszek i dalsze zamachy na jego życie nie pozostawią mu innego wyjścia, jak tylko uwolnić zarazę w samym sercu Skavenblight.
W ten sposób Klan Pestilens został powitany z powrotem, a arcyplagiat Nurglitch zasłużył na prawo do procesu w walce. Choć niewiele brakowało, by Władca Plag użył trującego ukąszenia, by pokonać swego przeciwnika - Lorda Vaska, najsłabszego członka klanów Władców Wojennych w Radzie. Klan Pestilens dołączył do Rady jako siódmy członek, oddając swoje zasoby do dyspozycji Panów Rozkładu.